惣社水分神社の正式な呼称は、芳野坐式内総社宇陀水分神社（ほうのにますしきないそうしゃうたみくまりじんじゃ）。大和朝廷時代の飛鳥を中心に、宇陀地方一帯の水の守り神としてここ芳野川の上流、上芳野にこの一郷の水分神社の総社として創祀されたものです。水分信仰は、農業とふかいかかわりをもっていて、その伝承は、この地方の農耕信仰の歴史を知るうえでも重要です。芳野川は菟田野を西北に流れる河川で淀川の源流にもあたり、往古から一帯の農地を潤してきたにちがいありません。水の神として崇敬をあつめた惣社水分神社には、いまは農民のみならず、水にかかわる業の人たちの参詣がたえません。
本殿は、大正二年、隣接する八幡宮（はちまんぐう）を合祀（ごうし）したものです。